Die hauptsächlichen Nachweismethoden für Proteine sind Methoden wie ELISA oder Western/Dot Blot. Sie basieren auf Antikörpern und sind damit von Tierversuchen abhängig, die nicht immer exakt identische Antikörper bilden. Die Verwendung von Aptameren hat sich hierbei als gute Alternative präsentiert. Jedoch ist die fehlende Spezifität, vor allem bei einem Proteingemisch, ein Problem für die breite Anwendung.

Die hier vorgestellte Erfindung basiert auf einem Verfahren zur Auftrennung unterschiedlicher Proteine in einer Probe und anschließender in vitro Markierung mit Hilfe von Aptameren. Diese Ermöglichen dann den spezifischen Nachweis des Proteins. Die Auftrennung erfolgt mittels nativer Trennverfahren, womit die komplexe Faltung des Proteins erhalten bleibt und nutzt verschiedene Parameter, wie insbesondere den isoelektrischen Punkt, im Rahmen einer Gelelektrophorese. Das Aptamer bindet hoch spezifisch an das nachzuweisende Protein und kann zum leichten nachweisen markiert sein. Alle gängigen Markierungen sind hierbei möglich. Durch die Auftrennung der Proteine ist auch der Nachweis verschiedener Proteine in einer Probe mit der hier vorgestellten Methode möglich. Als Nachweis gilt hierbei auch die Abwesenheit des nachzuweisenden Proteins.